J.C. Jacobsen var af en tid, hvor det offentliges støtte til kunst, erhvervsliv og videnskab var begrænsede, og de velstillede så det derfor som deres forpligtelse at bidrage til almenheden. J.C. Jacobsen tog den forpligtelse mere alvorlig end andre, og han skriver selv, at støtten til videnskaben blandt andet bundede i, at han skyldte en stor tak til fysikeren og kemikeren H.C. Ørsted og hans bedrifter.

Carlsbergfondet havde til opgave at drive bryggeriet og var videnskabelig forpligtet ved Carlsberg Laboratorium. Carlsberg Laboratorium blev oprettet i 1875 med det formål at skabe et videnskabeligt grundlag for bryggerkunsten. Carlsberg Laboratorium adskilte sig ved at være et forskningsbaseret laboratorium, modsat et driftslaboratorie, der direkte var knyttet til bryggeriets drift i form af kvalitetssikring og udvikling af produkter.
Fondet havde endvidere til opgave at fremme og støtte videnskabelig forskning indenfor naturvidenskab, matematik, filosofi, humaniora og samfundsfag. Endvidere blev Det Nationalhistoriske Museum på Frederiksborg Slot stiftet som endnu en afdeling under fondet i 1878. Publikum fik adgang til det tidligere kongelige residens i 1882.

Ny Carlsbergfondet oprettede sønnen, Carl Jacobsen i 1902 og overdrog sit bryggeri til dette på samme vis som sin far, da han heller ikke anså arvingerne værdige til at videreføre hans livsværk. Hvor Carlsbergfondet oprindelig primært støttede naturvidenskaben, var kunst og kunstvidenskaben Ny Carlsbergfondets område. Carl havde en stor passion for kunst, og donerede store dele af sin private samling til offentligheden. Det skete ved opførelsen af Ny Carlsberg Glyptotek i 1897.
I 1931 og 1938 oprettedes henholdsvis Tuborgfondet og Carlsberg mindelegat for brygger J.C. Jacobsen for samfundsgavnlige formål. Sidstnævnte blev oprettet i anledning af 50året for Carlsbergfondets overtagelse af bryggeriet.
Carlsbergfondet har fortsat til huse på H.C. Andersens Boulevard i det hus, fondet lod opføre til gavn for Videnskabernes Selskab i 1899.